台商由於在大陸投資金額龐大，因此投資糾紛也不少，環宇法律事務所黃哲源律師整理出五大台商投資糾紛的型態，土地使用權爭議是最大的投資糾紛，其次是行政爭議、法院程序及圍廠等其他糾紛。
黃哲源指出，台商糾紛常見樣態，首先是土地使用權，包括國土證無法取得，劃撥土地遭無償收回；其次是行政爭議，如工商登記、特許經營權等問題，大陸工商管理局拒絕台商為公司法定代理人，或無故收回台商特許經營權等；第三則是法院程序，如勝訴不執行或不立案等，例如有台商與他人訴訟取得勝訴，但法院遲不執行或藉故拒絕執行，也有台商提告，法院卻不立案的情事。
至於其他投資糾紛則包括村委會糾紛或圍廠等，黃哲源表示，例如有村委會欲收回集體土地，以提告方式解除廠房租賃合同；也有他人對台商公司進行圍廠，妨礙營運，影響人身安全；或開發區不遵守與台商簽訂的優惠合同，台商達成合同目標，但開發區卻拒絕履行。
在土地糾紛方面，金禾豐運動用品製造公司董事長陳文樹表示，其在中國大陸廣東省投資經營多時，然長達七年遲未能取得國土證，直到透過經濟部投資處兩岸投資糾紛行政協處後，問題方在半年後解決，建議台商面臨投資糾紛時，應恪守法律、保存糾紛資料要完整，與當地政府人員協調時保持冷靜。
大連麒運飼料有限公司董事長吳萬鏞表示，他在大連承租30年廠房，生產飼料外銷，但是因為有房屋建設公司看上了這塊地，在中國大陸承租廠房，遭陸籍公司擅自砌牆堵出入口，無法營運，後尋求政府協助行政協處，經半年後順利復工，並取得部分賠償，建議台商面臨此問題時，應按照程序步驟處理，並尋求台灣政府協助。
台北市林森文教基金會福州聯絡處林義雄執行長指出，他在中國大陸房產面臨徵收，當地政府卻未按市場價格計算補償款，並透過他人興訟，妨礙商談補償事宜，經台灣政府透過兩岸行政協處管道協助處理後，陸方政府方積極回應處理，建議台商面對此類情事仍應冷靜以對，確實了解當地法令與土地制度，並盡可能的蒐集原資料，列出法律規定，透過中國大陸適當行政及司法單位適切表達需求。
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